A FAHECE tem como missão Fortalecer a Esperança dos cidadãos catarinenses que buscam os serviços de saúde do SUS, disponibilizando atendimento de qualidade nas unidades geridas através dos Contratos de Gestão (HEMOSC, CEPON e SAMU) e Laboratório de Anatomia Patológica próprio. É uma Fundação privada, sem fins lucrativos, filantrópica, qualificada como Organização Social, criada há mais de 30 anos.

A gestão de serviços de saúde através de fundação privada sem fins lucrativos está diretamente relacionada à transparência e cidadania. O modelo de gestão envolve a participação direta dos voluntários integrantes dos órgãos de administração da FAHECE - Conselho Curador, Conselho Fiscal e Diretoria Executiva, que representam a comunidade na definição das prioridades de atuação da Fundação, contando ainda com o velamento do Ministério Público.

A Qualidade de Gestão da FAHECE foi reconhecida em algumas premiações e também através do Estudo do Tribunal de Contas do Estado de Santa Catarina no documento "Análise Econométrica da Eficiência dos Hospitais Estaduais de Santa Catarina: Um Comparativo entre Modelos de Gestão" - Florianópolis, 2017, no qual estabeleceu o CEPON como hospital-referência estadual na gestão da eficiência do gasto público na saúde.

A FAHECE também conquistou de maneira pioneira, em 2023, a Acreditação da Organização Nacional de Acreditação (ONA) de forma integrada para o SAMU, HEMOSC e CEPON